《最高人民法院關于全面加強環(huán)境資源審判工作為推進生態(tài)文明建設提供有力司法保障的意見》（法發(fā)〔2014〕11號）中規(guī)定：“探索建立與行政區(qū)劃適當分離的環(huán)境資源案件管轄制度。逐步改變目前以行政區(qū)劃分割自然形成的流域等生態(tài)系統(tǒng)的管轄模式，著眼于從水、空氣等環(huán)境因素的自然屬性出發(fā)，結合各地的環(huán)境資源案件量，探索設立以流域等生態(tài)系統(tǒng)或以生態(tài)功能區(qū)為單位的跨行政區(qū)劃環(huán)境資源專門審判機構，實行對環(huán)境資源案件的集中管轄，有效審理跨行政區(qū)劃污染等案件?！?/div>
環(huán)保條例修訂草案修改二稿的相關規(guī)定依據(jù)就在此。修改二稿明確：“建立與行政區(qū)劃適當分離的環(huán)境資源案件管轄制度，設立跨行政區(qū)劃環(huán)境資源審判機構，有效審理跨行政區(qū)劃環(huán)境污染案件?！?/div>
不過關于設立環(huán)境資源審判機構，也有不同聲音。廣東海洋大學、韶關學院、嘉應學院以及省人大常委會立法咨詢專家李華南、周聯(lián)合、邵俊武等提出設立環(huán)境資源審判庭屬于法院組織
問題，屬于《中華人民共和國立法法》的法律保留事項，建議刪除相關規(guī)定。
省人大常委會法工委經(jīng)研究認為，根據(jù)《中華人民共和國人民法院組織法》第二十三條第二款和第二十六條第二款的規(guī)定，高級人民法院、中級人民法院“根據(jù)需要可以設其他審判庭”。最高人民法院于2014年6月頒布的《關于全面加強環(huán)境資源審判工作為推進生態(tài)文明建設提供有力司法保障的意見》（法發(fā)〔2014〕11號）要求：“本著確有需要、因地制宜、分步推進的原則，建立環(huán)境資源專門審判機構，為加強環(huán)境資源審判工作提供組織保障?！币虼?，設立環(huán)境資源審判機構既符合法律的規(guī)定，也符合最高人民法院的工作要求。
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