控制碳排放是一項全新的工作，需要一定的組織體系、制度基礎(chǔ)開展相關(guān)工作。通過立法確定總量控制的法律地位，在國家層面建立碳排放管理體系，十分必要。從國外經(jīng)驗來看，通過立法形式明確管理機構(gòu)與管理主體，引入第三方機構(gòu)管理。澳大利亞新南威爾士和美國加州都用立法的形式明確規(guī)定了監(jiān)管主體，并且都是以一個機構(gòu)為主導，協(xié)調(diào)管理全部范圍內(nèi)的碳排放權(quán)交易。這種方法在排放控制的初期推廣具有很大的促進作用，有利于減少行政部門間的沖突，提高了行政效率。歐盟排放交易體系建立了獨立的歐盟中央管理處（The EU Central Administrator）對歐盟成員各國的國家配額計劃進行審批，并運用歐盟獨立交易系統(tǒng)（Community Independent Transaction Log）對二氧化碳交易進行監(jiān)測和管理，對系統(tǒng)運作成效進行評估。

管理模式選擇。在管理模式上，歐盟碳排放交易機制采取了集中和分權(quán)相統(tǒng)一的管理模式。EU-ETS覆蓋27個主權(quán)國家，經(jīng)濟水平、政治體制和產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)等方面差異較大，很難完全統(tǒng)一，于是歐盟碳排放權(quán)交易機制并沒有直接指定成員國的排放權(quán)監(jiān)管機構(gòu), 而是僅對監(jiān)管機構(gòu)的權(quán)利義務(wù)職責做了原則性的規(guī)定, 成員國可以享有一定靈活性的自主權(quán)，根據(jù)本國國情設(shè)計監(jiān)管機制。完善的協(xié)調(diào)機制是集中與分權(quán)相結(jié)合的管理模式運行順暢的保障。歐盟委員會通過發(fā)布多項關(guān)于排放交易的指令，為歐盟碳排放權(quán)交易機制奠定了法律基礎(chǔ)，確定了各成員國實施排放交易時應(yīng)當遵循的共同標準。美國實行分散式管理。美國因為沒有統(tǒng)一的全國碳交易市場，也就沒有設(shè)置相關(guān)的聯(lián)邦管理機構(gòu)，由各個區(qū)域碳排放組織或者地方政府自行設(shè)置機構(gòu)管理碳排放交易。

我國碳排放交易試點省市均明確當?shù)匕l(fā)展和改革委是碳交易的主管部門。由于碳交易的專業(yè)性較強，政府缺乏相應(yīng)的專業(yè)知識，為防止政府失靈，引入第三方監(jiān)管機構(gòu)十分必要，對配額分配、企業(yè)排放量進行監(jiān)測，保證政策的公平、公正。從法理上說，自己監(jiān)督自己往往是不利的，因而必須設(shè)置外部監(jiān)督。在我國的法律體系中，由第三方機構(gòu)對法律行為進行監(jiān)督的立法體例比較常見，因而建議我國引入第三方監(jiān)督機構(gòu)對碳排放總量控制相關(guān)工作進行監(jiān)督。